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    发贴心情 [合集]怎么判断cDNA是全长的?有相关soft


    [合集]怎么判断cDNA是全长的?有相关soft


    发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
    标  题: [合集]怎么判断cDNA是全长的?有相关soft
    发信站: 北大未名站 (2004年03月21日20:13:59 星期天), 站内信件

    ───────────────────────────────────────
    作者  dennyli (protein), 信区: Bioinformatics                                
    标题  怎么判断cDNA是全长的?有相关software吗?                                
    时间  北大未名站 (2003年10月17日10:44:13 星期五), 转信                       
    ───────────────────────────────────────
    rt
    谢谢

    ───────────────────────────────────────
    作者  lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics            
    标题  Re: 怎么判断cDNA是全长的?有相关software吗?                            
    时间  北大未名站 (2003年10月20日01:10:11 星期一), 转信                       
    ───────────────────────────────────────
    这个omega就差不多了。

    【 在 dennyli (protein) 的大作中提到: 】
    rt
    谢谢

    ───────────────────────────────────────
    作者  Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics               
    标题  Re: 怎么判断cDNA是全长的?有相关software吗?                            
    时间  北大未名站 (2003年10月20日01:15:50 星期一), 转信                       
    ───────────────────────────────────────
    3'简单对吧,有加尾信号就ok

    5’复杂一点,先大致看看ATG在不在“克查科”序列中,再看看其上游有没有终止密码子
    然后的嘛,就不好说了,还是要看实验的结果或者比对的情况了

    【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
    : 这个omega就差不多了。
    : rt
    : 谢谢

    ───────────────────────────────────────
    作者  lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics            
    标题  Re: 怎么判断cDNA是全长的?有相关software吗?                            
    时间  北大未名站 (2003年10月20日03:04:15 星期一), 转信                       
    ───────────────────────────────────────
    这我还不大明白了。
    1。加尾信号是什么?poly-A?还是A的含量比较大?有确定的么?
    2。5'在左还是3'在左啊?忘了。。。

    即使你这样也只能说是maybe,不能sure的。简单的就是拿去blast一下,在swissprot或
    者genbank里面找找。如果完全的是未知序列,目前好像没有那个程序,可以比较sure出
    一个gene的全长吧?
    cDNA么,一般都是已知蛋白,blast一下拉倒。

    【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
    3'简单对吧,有加尾信号就ok

    5’复杂一点,先大致看看ATG在不在“克查科”序列中,再看看其上游有没有终止密码子

    然后的嘛,就不好说了,还是要看实验的结果或者比对的情况了

    【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
    : 这个omega就差不多了。
    : rt
    : 谢谢

    ───────────────────────────────────────
    作者  Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics               
    标题  Re: 怎么判断cDNA是全长的?有相关software吗?                            
    时间  北大未名站 (2003年10月20日03:11:28 星期一), 转信                       
    ───────────────────────────────────────
    1、加尾信号指在hnRNA终止密码子以下poly-A上游的一段序列,很保守,AAUAAA以及下游
    GU丰富的序列。

    2、5'在上游啦,没什么左右之分。

    3、我说啦,不sure的,只是“很可能”,对于有同源物的序列,不比对的结果自然有说
    服力,要是没有同源物的,呵呵,只有做试验验证啦

    【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
    : 这我还不大明白了。
    : 1。加尾信号是什么?poly-A?还是A的含量比较大?有确定的么?
    : 2。5'在左还是3'在左啊?忘了。。。
    : 即使你这样也只能说是maybe,不能sure的。简单的就是拿去blast一下,在swissprot或
    : 者genbank里面找找。如果完全的是未知序列,目前好像没有那个程序,可以比较sure出
    : 一个gene的全长吧?
    : cDNA么,一般都是已知蛋白,blast一下拉倒。
    : 3'简单对吧,有加尾信号就ok
    : 5’复杂一点,先大致看看ATG在不在“克查科”序列中,再看看其上游有没有终止密码子
    : 然后的嘛,就不好说了,还是要看实验的结果或者比对的情况了
    : ...........................

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    作者  Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics               
    标题  Re: 怎么判断cDNA是全长的?有相关software吗?                            
    时间  北大未名站 (2003年10月20日03:19:57 星期一), 转信                       
    ───────────────────────────────────────
    哦对了,偶发现偶犯了个错误,人家是问cDNA是不是全长,不是ORF,因此还有一个
    5’UTR是否完整的问题,这个就更加麻烦了,现在倒是有一些server提供transcript
    start site预测的,不过好像也不大准,只能是给个大概位置,所以还是要靠试验结果的

    【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
    : 1、加尾信号指在hnRNA终止密码子以下poly-A上游的一段序列,很保守,AAUAAA以及下游
    : GU丰富的序列。
    : 2、5'在上游啦,没什么左右之分。
    : 3、我说啦,不sure的,只是“很可能”,对于有同源物的序列,不比对的结果自然有说
    : 服力,要是没有同源物的,呵呵,只有做试验验证啦


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