[合集]如何预测基因结构 ？
发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标 题: [合集]如何预测基因结构 ？
发信站: 北大未名站 (2004年03月21日20:08:40 星期天), 站内信件
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作者 lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 如何预测基因结构？
时间 北大未名站 (2004年03月10日16:39:14 星期三), 转信
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就是给一条genomic的序列，拿什么工具预测gene structure比较恰当？感觉GenScan,
GeneBuilder，GeneWise这些预测的结果，很不一致，郁闷啊。
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作者 Feynman (KaKa), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 如何预测基因结构？
时间 北大未名站 (2004年03月10日16:56:19 星期三), 转信
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sim4/blat
【 在 lylover (cinderella) 的大作中提到: 】
: 就是给一条genomic的序列，拿什么工具预测gene structure比较恰当？感觉GenScan,
: GeneBuilder，GeneWise这些预测的结果，很不一致，郁闷啊。
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 如何预测基因结构？
时间 北大未名站 (2004年03月11日15:30:37 星期四) , 站内信件
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i think what he means to do is Ab initio gene prediction.
but it's really not that great in eukaryotic genomes.
【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
: sim4/blat
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作者 zycloud (Hawk~开始新生活), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 如何预测基因结构？
时间 北大未名站 (2004年03月11日17:11:24 星期四), 转信
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【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: i think what he means to do is Ab initio gene prediction.
: but it's really not that great in eukaryotic genomes.
nod, it is so difficult to recognise the correct exon/intron structure.
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作者 lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 如何预测基因结构？
时间 北大未名站 (2004年03月11日20:00:57 星期四), 转信
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确实。正确的预测gene结构在真核还是比较难的。
感觉gene prediction还是个大问题，呵呵。
【 在 zycloud (Hawk~开始新生活) 的大作中提到: 】
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: i think what he means to do is Ab initio gene prediction.
: but it's really not that great in eukaryotic genomes.
nod, it is so difficult to recognise the correct exon/intron structure.
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作者 Feynman (KaKa), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 如何预测基因结构？
时间 北大未名站 (2004年03月11日20:57:43 星期四), 转信
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yeah,I know what he mean, but I thought the Ab initio method maybe not
necessary for him,^_^
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: i think what he means to do is Ab initio gene prediction.
: but it's really not that great in eukaryotic genomes.
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作者 Feynman (KaKa), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 如何预测基因结构？
时间 北大未名站 (2004年03月11日21:00:16 星期四), 转信
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你真的需要de novo的方法吗？
呵呵，莫非发现了一个未知的基因？那预测基因结构也没用啊，还要做实验嘛，呵呵
如果不是未知的，找到它的mRNA不就完了？（或者在EST库中拼一下？）
【 在 lylover (cinderella) 的大作中提到: 】
: 确实。正确的预测gene结构在真核还是比较难的。
: 感觉gene prediction还是个大问题，呵呵。
: nod, it is so difficult to recognise the correct exon/intron structure.
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作者 azureboy (bluemoon), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 如何预测基因结构？
时间 北大未名站 (2004年03月11日21:21:18 星期四), 转信
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如果是新的基因，做实验前还是需要分析一下基因结构的，当然不需要很精细的分析
另外mRNA也不太好找,剪切后变化也挺多的
【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
: 你真的需要de novo的方法吗？
: 呵呵，莫非发现了一个未知的基因？那预测基因结构也没用啊，还要做实验嘛，呵呵
: 如果不是未知的，找到它的mRNA不就完了？（或者在EST库中拼一下？）
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作者 lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 如何预测基因结构？
时间 北大未名站 (2004年03月12日02:37:47 星期五), 转信
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sigh...就是找不到EST里面的东西，才只好。。。现在做一个东西，感觉做得很乱。
hehe,不是我做的乱。
【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
你真的需要de novo的方法吗？
呵呵，莫非发现了一个未知的基因？那预测基因结构也没用啊，还要做实验嘛，呵呵
如果不是未知的，找到它的mRNA不就完了？（或者在EST库中拼一下？）
【 在 lylover (cinderella) 的大作中提到: 】
: 确实。正确的预测gene结构在真核还是比较难的。
: 感觉gene prediction还是个大问题，呵呵。
: nod, it is so difficult to recognise the correct exon/intron structure.
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