方法一：应用于实例Individual的某个Property只有单一属性值的情况，只需将新值替代劳值即可。
对应于datatypeProperty的值，类型有int,string, double, boolean等等常用类型，其实在Jena中都以string的形式存储，都可以作为Jena中的Literal来表示，OntModel或者Model继承自ModelCon的方法
    Literal createLiteral(java.lang.String v)，
可以用来赋给RDFNode的对象，并作为Individual.setPropertyValue(Property property,RDFNode value)的参数，最后令model中信息写回本体文件中即可。
   基本代码：
package com.cms.servlet.test;

import java.io.FileInputStream;
import java.io.FileNotFoundException;
import java.io.FileOutputStream;
import java.io.IOException;
import java.io.InputStreamReader;
import java.io.File;

import com.hp.hpl.jena.ontology.OntModel;
import com.hp.hpl.jena.ontology.OntModelSpec;
import com.hp.hpl.jena.ontology.OntClass;
import com.hp.hpl.jena.ontology.Individual;
import com.hp.hpl.jena.ontology.OntProperty;
import com.hp.hpl.jena.ontology.DatatypeProperty;
import com.hp.hpl.jena.ontology.ObjectProperty;

import com.hp.hpl.jena.rdf.model.ModelFactory;
import com.hp.hpl.jena.rdf.model.Property;
import com.hp.hpl.jena.rdf.model.RDFNode;

public class OntologyModifyTest {
    private OntModel ontModel = ModelFactory.createOntologyModel();
    private String filePath = "src\\ontology\\modifyTest.owl";
    private String prefix = "http://www.owl-ontologies.com/Ontology1255195756.owl#";
    private void loadModel() {
        try {
            FileInputStream file = new FileInputStream(filePath);
            InputStreamReader in = new InputStreamReader(file, "UTF-8");
            ontModel.read(in, null);
            in.close();
                           file.close();
        }catch(FileNotFoundException e) {
            e.printStackTrace();
        }catch(IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
    private void writeIntoOntology() {
        try {
            File f = new File(filePath);
            FileOutputStream file = new FileOutputStream(f);
            ontModel.write(file, "");
            file.close();
        }catch(FileNotFoundException e) {
            e.printStackTrace();
        }catch(IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }
        loadModel();
    }
    public OntologyModifyTest() {
        ontModel = ModelFactory.createOntologyModel(OntModelSpec.OWL_MEM, null);
        loadModel();
        Individual indi = ontModel.getIndividual(prefix + "Rabbit");
        Property pro = ontModel.getProperty(prefix + "name");
        RDFNode rdfNode = ontModel.createLiteral("killer");
        indi.setPropertyValue(pro, rdfNode);
        writeIntoOntology();
    }
    public static void main(String[] args) {
        OntologyModifyTest test = new OntologyModifyTest();
    }
}

另外，如果需要对某个Individual的Property覆盖多个属性值，可以先调用一次Individual.setPropertyValue(Property pro, RDFNode value), 然后调用几次Individual.addProperty(Property p, RDFNode o)。

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方法二：如果只是一般性添加，可通过获得Individual,Property,RDFNode，直接调用Model或者OntModel继承自ModelCon的方法add(Resource s, Property p, RDFNode o) 直接追加就行了。因为Jena的Model（包括OntModel等）都是将所有信息以Statement集合的形式存储的，如果追加的三元组(s, p, o)已经存在了则追加无效，反之则原来对应Property的属性值不变，获得新的值。同样的最后需要类似方法一中的writeIntoOntology() 将修改后的model写入本体文件。

P.S.
觉得人总是逼出来的，这个问题晕了整个白天了，发帖向各位前辈问问，等了好久只有阅贴没有回帖的，做的东西又有点赶了，所以就硬着头皮吃过饭接着啃，总算是有所收获了。
嘿嘿，所以说呢，人的潜力是无限滴！
最终还是决定把我的自己找的解决之道贴出来，算是自问自答吧！望高手们不吝赐教！