protein(3)                            

发信人: happymood (土豆块儿), 信区: Bioinformatics
标  题: protein(3)
发信站: 北大未名站 (2001年04月09日22:49:16 星期一), 站内信件

发信人: ATP (能量之星), 信区: LifeScience
标  题: 蛋白质组研究的技术路线
发信站: BBS 水木清华站 (Sat Apr  7 22:23:42 2001)

蛋白质组研究的技术路线
    蛋白质组研究的发展主要依赖三大技术的进步：①双向电泳技术的发展，尤其固相
化 pH梯度（IPG）的发明和完善，改善了双向凝胶电泳的重复性和上样量。目前，双向
电泳凝胶检测的蛋白质数目比估计的细胞内总蛋白少得多，因为低拷贝数蛋白由于电泳
的灵敏度不够，得不到检测，部分蛋白（如膜蛋白）不溶于样品缓冲液，分子量过大（
＞200kD）、极端酸性或碱性蛋白在电泳过程中丢失。 用图像模型分析2－D电泳所能分
辨蛋白拷贝数，这种模型可用来分析蛋白拷贝数的变异情况。结果表明当蛋白质的拷贝
数低于 1000时， 2－D电泳技术是不能分辨出来的。样品处理也是影响2－D电泳灵敏度
的主要原因之一。在IPM水平，蛋白的丢失的影响是巨大的，为了分析低拷贝蛋白质，必
须减少蛋白的丢失，简化样品的处理步骤，应用超声组织粉碎仪、超速离心机等措施，
提高提取和消化蛋白质的量，降低化学噪音。②电喷雾质谱(ESI-MS)和基质辅助激光解
吸飞行时间质谱（MALDI－TOF－MS）技术的发明以及在蛋白质分析中的成功应用。质谱
分析已成为蛋白质鉴定的核心技术。从质谱技术测得完整蛋白的分子量、蛋白质的肽质
谱（PMF），采用串联质谱（MS），即在第一级质谱得到肽的分子离子，最后形成N端碎
片离子系列和C端碎片离子系列，将这些离子碎片系列综合分析，可得出肽端的氨基酸序
列。③蛋白质组信息学的兴起。双向电泳分离的蛋白质点（sport）必须经过识别与鉴定
，以图像扫描仪数字化2－D电泳凝胶上分离的蛋白点，在蛋白图形工作站上，应用Mela
nieⅡ软件，对数字化的蛋白点的分布部位、斑点面积和灰阶、背景过滤、2－DE匹配与
比较，建立参考图谱。对蛋白质鉴定的数据库的搜索是蛋白质组信息学的又一特点。把
已有数据库（OWL或dbEST）中的每一个序列转换相应的属性参数，形成属性化的数据库
。然后以此属性参数搜索属性化的蛋白质或核酸数据库，如搜索不到，那可能是新的蛋
白质，就可以用传统的生化鉴定。组合各种属性参数可进一步提高鉴定质量。

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