[合集]关于结构生物信息                

发信人: palomino (~快马加鞭~), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]关于结构生物信息
发信站: 北大未名站 (2003年05月16日13:27:36 星期五), 转信

───────────────────────────────────────
作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  有一事不明                                                             
时间  北大未名站 (2003年05月13日20:21:38 星期二), 转信                       
───────────────────────────────────────
很奇怪，在无数个论坛上看见问一维预测三维的帖子，觉得有必要说
两句：结构生物信息，还是初步，难度巨大，而且，如果是预测结构，
那么，与生物信息不沾边。
我看到的结构生物信息是这样定义的：就是如果序列比对找不到同源
物，那么，钓出基因，结晶，测结构，然后比较结构相似性。呵呵，
这就有点小麻烦了吧？假如蛋白是膜蛋白，而且1000aa，谁能做出来？
我崇拜这样的人。。。
预测结构，基本上还是个生物物理的问题，牵涉的问题就太过于复杂，
一口吃个胖子，可能么?
另外，问问国外的朋友，他们做genomics的生物信息，就一个东东就
足够了：blast。大家都用，但不是都能发nature genetics。呵呵，
不好意思，我自己也在学blast,用了一年半，才感觉到原来自己是不
会用的。所以在学。

───────────────────────────────────────
作者  wwpeking (nihao), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 有一事不明                                                         
时间  北大未名站 (2003年05月13日21:49:05 星期二), 转信                       
───────────────────────────────────────
目前比较成功的预测方法，可以说全部都是基于先验知识的。从头预测
目前对于较短序列只能说凑合，对于比较长的序列来说，基本可以认为是
不work的。

───────────────────────────────────────
作者  biojs (成名之前的悲惨遭遇), 信区: Bioinformatics                       
标题  Re: 有一事不明                                                         
时间  北大未名站 (2003年05月13日23:12:18 星期二) , 站内信件                  
───────────────────────────────────────
老兄,这才叫干国际前沿,毕竟后基因组时代的到来,而蛋白质结构与功能的预测是首场大战,
就像SARS一样.

───────────────────────────────────────
作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 有一事不明                                                         
时间  北大未名站 (2003年05月14日11:36:31 星期三), 转信                       
───────────────────────────────────────
wwpeking看来是偏计算机，好像做计算机的人喜欢说“work”。哈。
不过很多院士之所以是院士，是他们以前做得很好，不一定是现在了。
而且，清华的孙教授，还是感觉名实俱副的。呵呵。
对了，wwpeking，有空我来北京的时候，一起聊聊吧？呵呵，这段时
间是没戏了。。。

目前比较成功的预测方法，可以说全部都是基于先验知识的。从头预测
目前对于较短序列只能说凑合，对于比较长的序列来说，基本可以认为是
不work的。

───────────────────────────────────────
作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 有一事不明                                                         
时间  北大未名站 (2003年05月14日11:41:12 星期三), 转信                       
───────────────────────────────────────
我老板告诉我一句话：开别人的煤车，挖别人的煤。也就是说，别人
栽桃树呢，你就踩着别人搭好的梯子，帮别人把桃子摘下来，然后替
他吃了，岂不是很开心？
另外，硬骨头，哼哼，我牙不好，不吃。专拣瘦肉吃，气死那帮洋鬼。

? 就像SARS一样.

───────────────────────────────────────
作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 有一事不明                                                         
时间  北大未名站 (2003年05月14日14:14:08 星期三), 转信                       
───────────────────────────────────────
blast只是一个工具, 关键还是idea. 不过结构预测方面折腾了30多年了
, 要出全新的idea不容易呀.

───────────────────────────────────────
作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 有一事不明                                                         
时间  北大未名站 (2003年05月14日16:03:30 星期三), 转信                       
───────────────────────────────────────
这个嘛，我还是很nod的，结构做起来，感觉似乎比序列分析还要早些。
不过，呵呵，一个字，难哦。
全新的idea，不是那么容易的，没有免费的午餐。进化也是需要一个过
程，慢慢来吧。

blast只是一个工具, 关键还是idea. 不过结构预测方面折腾了30多年了
, 要出全新的idea不容易呀.

───────────────────────────────────────
作者  wwpeking (nihao), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 有一事不明                                                         
时间  北大未名站 (2003年05月14日17:01:45 星期三) , 站内信件                  
───────────────────────────────────────
呵呵，没问题，lylover看问题还是很敏锐的哦。不过我现在纯粹属于一个人瞎鼓捣，周围没
有强大的火力支援，正想找人讨论。

───────────────────────────────────────
作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 有一事不明                                                         
时间  北大未名站 (2003年05月14日19:53:16 星期三), 转信                       
───────────────────────────────────────
哼哼，现在做生物信息，除了一些有老板带的，其他的哪个不是在
瞎搞？另外，多上上论坛，虽然做得好的人不多，不过偶尔也能碰
到几个。先在这里聊吧，过去的时候，我会是先打招呼。呵呵。

呵呵，没问题，lylover看问题还是很敏锐的哦。不过我现在纯粹属于一个人瞎鼓捣，周围
没
有强大的火力支援，正想找人讨论。