[合集]model tree & real  tree         

发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]model tree & real  tree
发信站: 北大未名站 (2004年03月21日19:58:37 星期天), 站内信件

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作者  lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics                             
标题  model tree & real tree                                                 
时间  北大未名站 (2004年02月14日03:11:10 星期六), 转信                       
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在看到建树的问题的时候，有model tree和real tree。看Nei的书没有搞清楚，model
tree和real tree有什么区别？model tree是否可以大致上代表了物种的分化的tree？而
real tree只是根据序列数据推导的单个gene/protein的分化的树？

如果做进化分析，怎么找到物种的分化的系统发育树？比如果蝇，多种果蝇的亚种的分化
的树，在什么地方可以找到？〉

Andreas的书说系统发育的隐含假设里面，有一个就是假设所有做进化分析的序列来自同
一个祖先， 而不是多个paralog的混合。这样，如果可以做进化分析，是不是一定可以推
导出祖先序列？

谢谢！

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作者  dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: model tree & real tree                                             
时间  北大未名站 (2004年02月14日04:55:13 星期六) , 站内信件                  
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not quite sure I understand what you are talking about.

my understanding about evolutionary trees, although might be totally off your
topic:

true tree represents the true evolutionary relationship among genes/species,
the tree we reconstruct
based on some models (assumptions) only approximate the true tree.

we should understand how bad our model is, then we can pick a model which is
not that bad.

【 在 lylover (cinderella) 的大作中提到: 】
: tree和real tree有什么区别？model tree是否可以大致上代表了物种的分化的tree？而
: real tree只是根据序列数据推导的单个gene/protein的分化的树？
: 如果做进化分析，怎么找到物种的分化的系统发育树？比如果蝇，多种果蝇的亚种的分化
: 的树，在什么地方可以找到？〉
: Andreas的书说系统发育的隐含假设里面，有一个就是假设所有做进化分析的序列来自同
: 一个祖先， 而不是多个paralog的混合。这样，如果可以做进化分析，是不是一定可以推
: 导出祖先序列？
: 谢谢！

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作者  kokolu (岁月如歌#蜕), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: model tree & real tree                                             
时间  北大未名站 (2004年02月14日17:54:10 星期六), 转信                       
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个人觉得real tree 是一种理想状态，代表了物种进化的“真实”情况。
怎么样得到这个“真实”情况呢？通过各种各样的model。那个model能够最接近
real tree，哪个model就最好。

比如，假设物种ABCD，的real tree是：

            -----B
         ___|
         |  |
      A__|  -----C
         |
         |_______D

而根据16SRNA 分析的结果是：

             -----B
          ___|
          |  |
       A__|  -----D
          |
          |_______C

那这个就是所谓基于16S rna的 model tree

不同的model，比如选择 16S rna分析，或者选择细胞色素C，或许选择其他某一个关键
的蛋白基因来做的 tree，分别是相应model的model tree。
如果这些model tree的结果是一样的，那么我们就比较有把握认为，这就是real tree.

嗯，应该是这样的吧

【 在 lylover (cinderella) 的大作中提到: 】
: 在看到建树的问题的时候，有model tree和real tree。看Nei的书没有搞清楚，model
: tree和real tree有什么区别？model tree是否可以大致上代表了物种的分化的tree？而
: real tree只是根据序列数据推导的单个gene/protein的分化的树？
: 如果做进化分析，怎么找到物种的分化的系统发育树？比如果蝇，多种果蝇的亚种的分化
: 的树，在什么地方可以找到？〉
: Andreas的书说系统发育的隐含假设里面，有一个就是假设所有做进化分析的序列来自同
: 一个祖先， 而不是多个paralog的混合。这样，如果可以做进化分析，是不是一定可以推
: 导出祖先序列？
: 谢谢！

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作者  lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: model tree & real tree                                             
时间  北大未名站 (2004年02月14日18:37:35 星期六), 转信                       
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nice!谢谢！

【 在 kokolu (岁月如歌#蜕) 的大作中提到: 】
: 个人觉得real tree 是一种理想状态，代表了物种进化的“真实”情况。
: 怎么样得到这个“真实”情况呢？通过各种各样的model。那个model能够最接近
: real tree，哪个model就最好。
: 比如，假设物种ABCD，的real tree是：
:             -----B
:          ___|
:          |  |
:       A__|  -----C
:          |
:          |_______D
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