[合集]positive selection & purifying  

发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]positive selection & purifying
发信站: 北大未名站 (2004年03月21日20:05:18 星期天), 站内信件

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作者  lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics                             
标题  positive selection & purifying selection                               
时间  北大未名站 (2004年03月03日15:36:57 星期三), 转信                       
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发信人: lylover (石之轩), 信区: LifeScience
标  题: Re: 讨论讨论分子进化吧
发信站: 瀚海星云 (2004年03月03日15:36:09 星期三), 站内信件

哦？先讨论一个基本的问题。自从kimura的中性理论被广泛接受之后，遭遇到的挑战就
很多，比如Nei就认为存在positive selection/adaptive selection，而其他人则认为
存在negative selection/purifying selection.这两种现象目前都还是比较普遍的存在
的。
我的问题是：如果检测到一个gene family存在positive selection的作用的时候，与这
个gene family的功能的进化适应有什么关系？purifying呢？
有的文章指出的是，出现adaptive selection是因为gene的功能存在冗余，也就是功能
不怎么重要，所以进化的速率相对于中性进化的gene来说，就显得较快。
但是我觉得，一个gene正因为功能重要，而生物体的功能变化剧烈，为了适应功能的改
变，而加速进化，那么，出现positive selection，应该是说明gene的功能重要啊！

呵呵，怎么解释？我说的有不对么？

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作者  yix (Punk), 信区: Bioinformatics                                       
标题  Re: positive selection & purifying selection                           
时间  北大未名站 (2004年03月03日18:15:12 星期三) , 站内信件                  
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your definition of 'importance' in these two cases are differnet
on one thing, it's 'essentiality', on the other it's 'varability'

【 在 lylover (cinderella) 的大作中提到: 】
: 发信人: lylover (石之轩), 信区: LifeScience
: 标  题: Re: 讨论讨论分子进化吧
: 发信站: 瀚海星云 (2004年03月03日15:36:09 星期三), 站内信件
: 哦？先讨论一个基本的问题。自从kimura的中性理论被广泛接受之后，遭遇到的挑战就
: 很多，比如Nei就认为存在positive selection/adaptive selection，而其他人则认为
: 存在negative selection/purifying selection.这两种现象目前都还是比较普遍的存在
: 的。
: 我的问题是：如果检测到一个gene family存在positive selection的作用的时候，与这
: 个gene family的功能的进化适应有什么关系？purifying呢？
: 有的文章指出的是，出现adaptive selection是因为gene的功能存在冗余，也就是功能
: ...........................

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作者  lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: positive selection & purifying selection                           
时间  北大未名站 (2004年03月03日18:21:12 星期三), 转信                       
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varability?还是viability？前者是变化，后者可是存活啊！
我有点混淆含义，确实，迷迷糊糊的。

【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
your definition of 'importance' in these two cases are differnet
on one thing, it's 'essentiality', on the other it's 'varability'

【 在 lylover (cinderella) 的大作中提到: 】
: 发信人: lylover (石之轩), 信区: LifeScience
: 标  题: Re: 讨论讨论分子进化吧
: 发信站: 瀚海星云 (2004年03月03日15:36:09 星期三), 站内信件
: 哦？先讨论一个基本的问题。自从kimura的中性理论被广泛接受之后，遭遇到的挑战就
: 很多，比如Nei就认为存在positive selection/adaptive selection，而其他人则认为
: 存在negative selection/purifying selection.这两种现象目前都还是比较普遍的存在
: 的。
: 我的问题是：如果检测到一个gene family存在positive selection的作用的时候，与这
: 个gene family的功能的进化适应有什么关系？purifying呢？
: 有的文章指出的是，出现adaptive selection是因为gene的功能存在冗余，也就是功能
: ...........................

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作者  dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: positive selection & purifying selection                           
时间  北大未名站 (2004年03月03日22:36:58 星期三), 转信                       
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positive selection generally means new functions.

for purifying selection, you will have much less chance to observe
amino acid level mutations.

【 在 lylover (cinderella) 的大作中提到: 】
: 发信人: lylover (石之轩), 信区: LifeScience
: 标  题: Re: 讨论讨论分子进化吧
: 发信站: 瀚海星云 (2004年03月03日15:36:09 星期三), 站内信件
: 哦？先讨论一个基本的问题。自从kimura的中性理论被广泛接受之后，遭遇到的挑战就
: 很多，比如Nei就认为存在positive selection/adaptive selection，而其他人则认为
: 存在negative selection/purifying selection.这两种现象目前都还是比较普遍的存在
: 的。
: 我的问题是：如果检测到一个gene family存在positive selection的作用的时候，与这
: 个gene family的功能的进化适应有什么关系？purifying呢？
: 有的文章指出的是，出现adaptive selection是因为gene的功能存在冗余，也就是功能
: ...........................

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作者  lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: positive selection & purifying selection                           
时间  北大未名站 (2004年03月03日22:54:51 星期三), 转信                       
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nice，这么解释我还明白一点。不要太简单的回答，呵呵，你知道老弟弱啊，说详细一点
，呵呵。
【 在 dayhoff (愤怒的小马) 的大作中提到: 】
positive selection generally means new functions.

for purifying selection, you will have much less change to observe
amino acid level mutations.

【 在 lylover (cinderella) 的大作中提到: 】
: 发信人: lylover (石之轩), 信区: LifeScience
: 标  题: Re: 讨论讨论分子进化吧
: 发信站: 瀚海星云 (2004年03月03日15:36:09 星期三), 站内信件
: 哦？先讨论一个基本的问题。自从kimura的中性理论被广泛接受之后，遭遇到的挑战就
: 很多，比如Nei就认为存在positive selection/adaptive selection，而其他人则认为
: 存在negative selection/purifying selection.这两种现象目前都还是比较普遍的存在
: 的。
: 我的问题是：如果检测到一个gene family存在positive selection的作用的时候，与这
: 个gene family的功能的进化适应有什么关系？purifying呢？
: 有的文章指出的是，出现adaptive selection是因为gene的功能存在冗余，也就是功能
: ...........................