[合集]据说threader方法预测三级结构很牛

发信人: palomino (~快马加鞭~), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]据说threader方法预测三级结构很牛
发信站: 北大未名站 (2003年05月16日13:35:49 星期五), 转信

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作者  biojs (成名之前的悲惨遭遇), 信区: Bioinformatics                       
标题  据说threader方法预测三级结构很牛,但进不了:( ????                       
时间  北大未名站 (2003年05月14日00:23:46 星期三) , 站内信件                  
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据说threader方法预测三级结构很牛,但进不了:
http://globin.(bio.)warwick.ac.uk/~jones/threader.html.  是不是搬家了,请告知新网
址??

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 据说threader方法预测三级结构很牛,但进不了:( ...                    
时间  北大未名站 (2003年05月14日00:37:43 星期三), 转信                       
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没搞错, threading是蛋白结构预测的三大类方法之一, 准确度介于同源模建
和从头算之间, 要求蛋白结构是已知的fold.

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 据说threader方法预测三级结构很牛,但进不了:( ...                    
时间  北大未名站 (2003年05月14日11:44:32 星期三), 转信                       
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嗯，还可以。一样啦，连rossetta都比不过，搞p呀？meta server里
喽喽，看看有没有发现。

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 据说threader方法预测三级结构很牛,但进不?..                        
时间  北大未名站 (2003年05月14日14:03:59 星期三), 转信                       
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ft, 什么叫连rossetta都比不过呀, rossetta只是目前最好的从头算的算法.
比threading方法还是差一点, 不过现在threading用得似乎越来越少了. 而
且结构预测在没有新idea的情况下, 现在是倾向于算法能够接收一些实验方
面比如NMR的数据以提高准确度.

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 据说threader方法预测三级结构很牛,但进不?..                        
时间  北大未名站 (2003年05月14日16:01:42 星期三), 转信                       
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哈哈，看来我搞错了。不好意思，只是知道rossetta好像是两届casp的
魁首，所以，有此推断。另外，我曾经很仔细看了rossetta的相关文
章，文章上说，“比绝大多数的threading的好”，不知是不是吹牛。

ft, 什么叫连rossetta都比不过呀, rossetta只是目前最好的从头算的算法.
比threading方法还是差一点, 不过现在threading用得似乎越来越少了. 而
且结构预测在没有新idea的情况下, 现在是倾向于算法能够接收一些实验方
面比如NMR的数据以提高准确度.

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 据说threader方法预测三级结构很牛,但进不?..                        
时间  北大未名站 (2003年05月14日16:06:15 星期三), 转信                       
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觉得有点吹牛, 不过rossetta的确很牛, 而且很多时候预测精度也能
做到threading方法的水平, rmsd 4-5A左右

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 据说threader方法预测三级结构很牛,但进不?..                        
时间  北大未名站 (2003年05月14日19:50:48 星期三), 转信                       
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最好的大约2.5个A。而且，10%左右。一般4-5A，不过也有6A以上的，
所以感觉不是很稳定。在2.5-6之间作简谐振动，感觉还是让人不太放
心。threading的方法如何，能给我讲讲么？为什么我找了的程序，都
只能做二维的折叠？你能告诉我个直接从一维到三维，采用threading
方法的么？呵呵，我找了好久，有个prospect，结果还要钱，用不成，
不爽

觉得有点吹牛, 不过rossetta的确很牛, 而且很多时候预测精度也能
做到threading方法的水平, rmsd 4-5A左右